6 мая 2001 года Референдумом Республики Тыва была принята Конституция Республики Тыва. В ней, в частности, статьей 91 предусмотрено, что Республика Тыва вправе образовать постоянно действующий орган государственного финансового контроля — Счетную палату Республики Тыва.
Статьями 103 Конституции Республики Тыва определено, что назначение на должность и освобождение от должности председателя Счетной палаты Республики Тыва, его заместителя и аудиторов Счетной палаты Республики Тыва относится к полномочиям Верховного Хурала (парламента) Республики Тыва.
Первый закон Республики Тыва «О Счетной палате Республики Тыва» был принят 7 декабря 2001 года, который утратил силу в связи с принятием нового Закона Республики Тыва от 25 июля 2011 года № 783 ВХ-I «О Счетной палате Республики Тыва».
15 января 2003 года Законодательной палатой Великого Хурала Республики Тыва на должность Председателя был назначен Салчак Валерий Балай-оолович. С этого момента началось формирование Счетной палаты Республики Тыва. В феврале 2003 года Счетная палата была зарегистрирована как юридическое лицо.
Формирование Счетной палаты Республики Тыва продолжалось более года. Первые два аудитора Лунько Наталья Александровна и Хомушку Василий Каажайович были назначены Законодательной палатой Великого Хурала Республики Тыва в марте 2003 года. В июле 2003 года Палатой представителей Великого Хурала Республики Тыва на должность аудитора был назначен Сат Радимир Шыырапович, в декабре того же года Палатой представителей Великого Хурала Республики Тыва на должность аудитора была назначена Азарова Надежда Александровна, которая работала инспектором Счетной палаты. В марте 2004 года на должность заместителя Председателя Счетной палаты Республики Тыва Палатой представителей Великого Хурала Республики Тыва была назначена Тас-оол Клара Дозур-ооловна. По результатам конкурсного отбора в августе 2003 года был сформирован инспекторский состав аппарата Счетной палаты.
Со временем совершенствовалась правовая база Счетной палаты, вносились соответствующие предложения о внесении изменений и дополнений в Закон Республики Тыва «О Счетной палате Республики Тыва», в Закон Республики Тыва «О бюджетном процессе в Республике Тыва» и в Закон Республики Тыва «Кодекс Республики Тыва об административных правонарушениях». Кроме того, утверждены внутренние нормативные правовые акты, регламентирующие деятельность Счетной палаты: Регламент Счетной палаты, Стандарты организации деятельности (СОД 1, СОД 2), Стандарты финансового контроля (СФК 1- СФК 6).
В 2013 году исполнилось 10 лет со дня образования Счетной палаты Республики Тыва.